2. Prendre le risque de diffuser des informations confidentielles

Un format propriétaire encode des informations qui ne sont pas publiquement visibles. Seul le producteur du format ou le propriétaire du logiciel de lecture, détenant les clef pour le décodage complet du format, est en mesure d'accéder à ces informations.
Souvent, au moment de l'enregistrement, le logiciel rajoute aux fichiers des informations qui ne sont pas accessibles à l'utilisateur commun, telles que le nom de l'utilisateur, le numéro de série du logiciel, le type de système d'exploitation, la machine sur laquelle l'utilisateur travaille, le dossier dans lequel le fichier se trouve, etc. Certaines de ces informations sont parfois codées de manière lisible à l'insu de l'auteur et deviennent ainsi complètement accessibles à tout le monde: l'anécdote du manifeste politique anonyme diffusé en format MSWord contenant le nom de l'auteur parfaitement lisible dans les propriétés du document est peut-être le cas le plus célèbre des conséquences inattendues de l'utilisation de formats propriétaires comme formats d'échange.
Des conséquences bien plus graves sont à envisager là où il ne s'agit pas de simple violation de la privacy de données personnelles, mais de diffusion d'informations militaires ou de secret commerciaux. Il est assez curieux qu'on accepte sans problèmes que les documents produits et échangés par le ministère de la Défense d'un pays X contiennent une partie accessible exclusivement à une entreprise du Pays Y.
Diffuser des documents en format propriétaire signifie diffuser de l'information dont personne, hormis le propriétaire du logiciel de lecture, ne peut connaître exactement le contenu.