Un formato proprietario codifica delle informazioni che non sono pubblicamente accessibili (in quanto codificate in modo non trasparente e in assenza di specifiche pubbliche del formato). In molti casi, solo il produttore del software e proprietario del formato, che possiede la chiave per la decifrazione completa dei dati, può accedere a queste informazioni.
Spesso, al momento del salvataggio, il programma aggiunge ai file informazioni che non sono generalmente accessibili all'utente comune, quali il nome dell'autore, il numero di serie del programma, il tipo di sistema operativo, la macchina su cui l'utente lavora, la cartella in cui si trova il file etc. Alcune di queste informazioni sono talvolta codificate in modo trasparente all'insaputa dell'autore stesso e diventano così perfettamente accessibili a chiunque: l'aneddoto del manifesto politico anonimo diffuso in formato MSWord che conteneva il nome dell'autore perfettamente leggibile nelle proprietà del documento è forse il caso più celebre delle conseguenze inattese dell'uso di formati proprietari come formati di scambio.
Delle conseguenze ben più gravi vanno previste qualora non si tratti di semplice violazione della privacy di dati personali, ma di diffusione d'informazioni militari o di segreti commerciali. È insomma abbastanza curioso che si accetti senza discussione che i documenti prodotti nel Ministero della Difesa di un Paese X contengano una parte accessible solo a una società privata di un Paese Y.
Diffondere documenti e file in formato proprietario significa diffondere informazioni di cui nessuno - con l'eccezione del produttore del formato - può conoscere l'esatto contenuto.

Per le ragioni spiegate nel paragrafo precedente, diversi virus possono propagarsi grazie ad informazione codificata nei file che non è completamente trasparente per l'utente. Diffondere o accettare documenti in formato proprietario significa dunque esporsi al rischio di contaminare e di farsi contaminare da virus informatici nascosti nelle parti illeggibili dei file.
Si noti che spesso viene contestato il fatto che anche formati aperti sono suscettibili di veicolare virus: ciò è falso, nella misura in cui i formati in questione sono formati aperti in senso stretto. Non appena un formato contiene però delle aggiunte proprietarie (per esempio dell'HTML che contiene codice per lanciare un'applicazione esterna o un PDF che contiene delle macro interpretabili tramite un software proprietario) esso si espone automaticamente al rischio di contaminazione: non si tratta più in questo caso di un formato aperto, ma di un formato semiproprietario.

Questo problema non è sensibile al livello del singolo utente, ma concerne in modo cruciale la comunità degli utenti. Diffondendo file in formato proprietario si obbliga implicitamente il destinatario a scegliere lo stesso software che il mittente ha utilizzato. Ciò che implicitamente si comunica inviando un file in formato proprietario è il messaggio "Munisciti dello stesso software o non potrai leggere il contenuto di questo file". Questa pratica - la stessa che si produce quando colui che diffonde un file pensa ingiustificatamente che "tutti i destinatari di questo file dispongono certamente del software richiesto" - ha una duplice conseguenza.

Da un lato tale pratica impone e rinforza l'uso del formato proprietario prodotto da un'azienda come standard di scambio di fatto: ciò significa legare l'interoperabilità, l'accessibilità e la perennità del contenuto del file alle politiche aziendali contingenti del produttore. Se questi deciderà o sarà costretto un giorno ad interrompere la produzione del programma di lettura del formato in questione, tutti i file esistenti in questo formato diventeranno automaticamente inuilizzabili: essendo la specifica del formato inaccessibile, sarà impossibile recuperare il contenuto di questi file diventati obsoleti.

In secondo luogo, imponendo un monopolio di fatto, tale pratica limita la concorrenza equa tra produttori di software, concorrenza che è risaputamente condizione essenziale per lo sviluppo tecnologico, e indebolisce la pratica dell'apertura delle specifiche dei formati e la ricerca di standard pubblici per lo sviluppo di applicazioni - che di tale concorrenza è considerata comunemente il requisito.