2. Correre il rischio di diffondere informazioni confidenziali

Un formato proprietario codifica delle informazioni che non sono pubblicamente accessibili (in quanto codificate in modo non trasparente e in assenza di specifiche pubbliche del formato). In molti casi, solo il produttore del software e proprietario del formato, che possiede la chiave per la decifrazione completa dei dati, può accedere a queste informazioni.
Spesso, al momento del salvataggio, il programma aggiunge ai file informazioni che non sono generalmente accessibili all'utente comune, quali il nome dell'autore, il numero di serie del programma, il tipo di sistema operativo, la macchina su cui l'utente lavora, la cartella in cui si trova il file etc. Alcune di queste informazioni sono talvolta codificate in modo trasparente all'insaputa dell'autore stesso e diventano così perfettamente accessibili a chiunque: l'aneddoto del manifesto politico anonimo diffuso in formato MSWord che conteneva il nome dell'autore perfettamente leggibile nelle proprietà del documento è forse il caso più celebre delle conseguenze inattese dell'uso di formati proprietari come formati di scambio.
Delle conseguenze ben più gravi vanno previste qualora non si tratti di semplice violazione della privacy di dati personali, ma di diffusione d'informazioni militari o di segreti commerciali. È insomma abbastanza curioso che si accetti senza discussione che i documenti prodotti nel Ministero della Difesa di un Paese X contengano una parte accessible solo a una società privata di un Paese Y.
Diffondere documenti e file in formato proprietario significa diffondere informazioni di cui nessuno - con l'eccezione del produttore del formato - può conoscere l'esatto contenuto.